- c -

• C : ari_decoder
• c : cram_decode_job , cram_job , MD5_CTX
• cache : BGZF
• cache_size : BGZF
• caddr : bgzidx1_t
• category : htsFormat
• center : gamgee::ReadGroup
• cigar : cram_record , cram_slice
• cigar_alloc : cram_slice
• cigar_op_parse_table : gamgee::Cigar
• cigar_tab : bam_hdr_t
• close : hFILE_backend
• cmpl_freq : RansEncSymbol
• cnt : mempool_t
• code : cram_feature , cram_huffman_code
• codec : cram_codec , cram_map
• codecs : cram_block_compression_hdr
• codes : cram_huffman_decoder , cram_huffman_encoder
• collapse : bcf_srs_t
• comp_hdr : cram_container
• comp_hdr_block : cram_container
• comp_size : cram_block
• compress_level : BGZF , worker_t
• compressed_block : BGZF
• compression : htsFormat
• conf : tbx_t
• content_id : cram_block , cram_byte_array_stop_decoder , cram_external_decoder
• content_type : cram_block , cram_block_slice_hdr
• core : bam1_t
• count : ref_entry , refs_t
• cram : hts_cram_idx_t , htsFile
• cram_flag_swap : cram_fd
• cram_flags : cram_record
• cram_sub_matrix : cram_fd
• crc32 : cram_block , cram_container
• crecs : cram_slice
• creg : _region_t
• ctr : cram_fd
• ctrl_fd : knetFile_s
• curr : bgzf_mtaux_t
• curr_c_rec : cram_container
• curr_off : hts_itr_t
• curr_rec : cram_container
• curr_ref : cram_container
• curr_serial : t_results_queue
• curr_slice : cram_container
• cv : bgzf_mtaux_t