- b -

• bam_mplp_t : sam.h
• bam_plp_auto_f : sam.h
• bam_plp_t : sam.h
• bam_seq_t : cram_samtools.h
• bcf_sr_regions_t : synced_bcf_reader.h
• bcf_sweep_t : vcf_sweep.h
• BGZF : bgzf.h , hts.h
• bgzidx_t : bgzf.h

- c -

• cram_codec : cram_codecs.h
• cram_fd : cram_structs.h
• cram_index : cram_structs.h
• cram_map : cram_structs.h
• cram_slice : cram_structs.h

- f -

• faidx_t : faidx.h

- h -

• hFILE : hfile.h
• hts_cram_idx_t : sam.c
• hts_id2name_f : hts.h
• hts_idx_t : hts.h
• hts_itr_query_func : hts.h
• hts_name2id_f : hts.h
• hts_opt : test_view.c
• hts_readrec_func : hts.h
• htsFormat : hts.h

- k -

• kh_cstr_t : khash.h
• khint64_t : khash.h
• khint_t : khash.h
• khiter_t : khash.h
• knetFile : knetfile.h
• ksstr_t : ksort.h
• kstring_t : bgzf.h , hts.h , kseq.h , kstring.h

- l -

• lbnode_t : sam.c

- m -

• MD5_u32plus : md5.h
• mtaux_t : bgzf.c

- r -

• RansState : rANS_byte.h
• ref_entry : cram_structs.h
• regidx_free_f : regidx.h
• regidx_parse_f : regidx.h
• regidx_t : regidx.h
• region_t : synced_bcf_reader.c

- s -

• SAM_hdr_tag : sam_header.h
• SAM_hdr_type : sam_header.h
• samFile : sam.h
• spare_bams : cram_structs.h

- t -

• t_pool : thread_pool.h
• t_pool_job : thread_pool.h
• t_pool_result : thread_pool.h
• t_results_queue : thread_pool.h

- u -

• ubyte_t : kstring.c
• uc : cram_structs.h

- v -

• vcfFile : vcf.h