Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- s -

• S_ISDIR : files.c
• S_ISREG : files.c
• sam : hts.h
• SAM_AUX : hts.h
• SAM_CIGAR : hts.h
• sam_close : sam.h
• sam_fields : hts.h
• SAM_FLAG : hts.h
• sam_format1() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_add() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_add_lines() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_add_PG() : sam_header.h , sam_header.c
• sam_hdr_decr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_dump() : sam_header.c
• sam_hdr_dup() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_key() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_line() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_find_rg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_free() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_incr_ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_length() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_link_pg() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_name2ref() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_new() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_parse() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_parse_() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_PG_ID() : sam_header.c
• sam_hdr_read() : sam.h , sam.c
• sam_hdr_rebuild() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_str() : sam_header.c , sam_header.h
• SAM_hdr_tag : sam_header.h
• SAM_hdr_type : sam_header.h
• sam_hdr_update() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_vadd() : sam_header.c , sam_header.h
• sam_hdr_write() : sam.h , sam.c
• sam_index_load() : sam.h , sam.c
• sam_itr_destroy : sam.h
• sam_itr_next : sam.h
• sam_itr_queryi() : sam.h , sam.c
• sam_itr_querys() : sam.h , sam.c
• SAM_MAPQ : hts.h
• sam_open : sam.h
• sam_open_mode() : sam.c , sam.h
• sam_parse1() : sam.h , sam.c
• SAM_PNEXT : hts.h
• SAM_POS : hts.h
• SAM_QNAME : hts.h
• SAM_QUAL : hts.h
• sam_read1() : sam.h , sam.c
• SAM_RGAUX : hts.h
• SAM_RNAME : hts.h
• SAM_RNEXT : hts.h
• SAM_SEQ : hts.h
• SAM_TLEN : hts.h
• sam_write1() : sam.c , sam.h
• samFile : sam.h
• seq_nt16_str : hts.h , hts.c
• seq_nt16_table : hts.h , hts.c
• SEQS_PER_SLICE : cram_structs.h
• sequence_data : hts.h
• SET : md5.c
• show_headers : htsfile.c
• SLICE_PER_CNT : cram_structs.h
• slurp() : hfile.c
• SP_LITTLE_ENDIAN : os.h
• spare_bams : cram_structs.h
• status : sam.c
• STEP : md5.c
• str : sam.c
• string_alloc() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_dup() : string_alloc.h , string_alloc.c
• string_ndup() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_pool_create() : string_alloc.c , string_alloc.h
• string_pool_destroy() : string_alloc.c , string_alloc.h
• stringify_argv() : sam_header.h , sam_header.c
• STRNCMP : sam.c
• SW_BWD : vcf_sweep.c
• SW_FWD : vcf_sweep.c