Hierarchy For Package picard.sam.markduplicates.util

Package Hierarchies:

• All Packages

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram.SamHeaderAndIterator
  • picard.cmdline.CommandLineProgram
    • picard.sam.markduplicates.util.AbstractOpticalDuplicateFinderCommandLineProgram
      • picard.sam.markduplicates.util.AbstractMarkDuplicatesCommandLineProgram
  • picard.sam.markduplicates.util.DiskBasedReadEndsForMarkDuplicatesMap (implements picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap)
  • picard.sam.markduplicates.util.LibraryIdGenerator
  • picard.sam.markduplicates.util.MarkQueue
  • picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigarSet
  • picard.sam.util.PhysicalLocationInt (implements picard.sam.util.PhysicalLocation)
    • picard.sam.util.PhysicalLocationShort
      • picard.sam.markduplicates.util.PhysicalLocationForMateCigar
      • picard.sam.markduplicates.util.ReadEnds
        • picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicates (implements java.lang.Cloneable)
          • picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodes
        • picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMateCigar
  • picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
    • picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesWithBarcodesCodec
  • picard.sam.util.ReadNameParser
    • picard.sam.markduplicates.util.OpticalDuplicateFinder
  • picard.sam.markduplicates.util.RepresentativeReadIndexerCodec (implements htsjdk.samtools.util.SortingCollection.Codec<T>)
  • htsjdk.samtools.util.SamRecordWithOrdinal
    • picard.sam.markduplicates.util.SamRecordWithOrdinalAndSetDuplicateReadFlag

Interface Hierarchy

• picard.sam.markduplicates.util.ReadEndsForMarkDuplicatesMap