- a -

• allele_count() : gamgee::utils
• allele_key() : gamgee::utils
• allele_key_to_string() : gamgee::utils
• allele_keys() : gamgee::utils
• allele_missing() : gamgee::utils
• allele_strings() : gamgee::utils

- b -

• bcf_check_equal_element() : gamgee::utils
• bcf_check_equal_element< float >() : gamgee::utils
• bcf_is_vector_end_value() : gamgee::utils
• bcf_is_vector_end_value< float >() : gamgee::utils
• bcf_is_vector_end_value< int32_t >() : gamgee::utils
• bcf_type_to_element_size() : gamgee::utils

- c -

• cache_and_advance_to_end_if_necessary() : gamgee::utils
• check_max_boundary() : gamgee::utils
• complement() : gamgee::utils
• complement_base() : gamgee::utils
• convert_data_to_float() : gamgee::utils
• convert_data_to_integer() : gamgee::utils
• convert_data_to_string() : gamgee::utils

- e -

• encoded_size() : gamgee::utils

- h -

• hts_string_array_to_vector() : gamgee::utils
• htslib_filter_name() : gamgee::utils

- i -

• initialize_htslib_buffer() : gamgee::utils
• int_encoded_size() : gamgee::utils
• int_encoded_type() : gamgee::utils
• is_string_type() : gamgee::utils

- m -

• make_shared_hts_file() : gamgee::utils
• make_shared_hts_index() : gamgee::utils
• make_shared_hts_itr() : gamgee::utils
• make_shared_ifstream() : gamgee::utils
• make_shared_sam() : gamgee::utils
• make_shared_sam_header() : gamgee::utils
• make_shared_synced_variant_reader() : gamgee::utils
• make_shared_variant() : gamgee::utils
• make_shared_variant_header() : gamgee::utils
• make_unique_hts_file() : gamgee::utils
• make_unique_hts_itr() : gamgee::utils
• merge_variant_headers() : gamgee
• missing() : gamgee

- p -

• parse_interval_record() : gamgee

- r -

• read_intervals() : gamgee
• reverse_complement() : gamgee::utils

- s -

• sam_deep_copy() : gamgee::utils
• sam_header_deep_copy() : gamgee::utils
• sam_shallow_copy() : gamgee::utils
• size_for_type() : gamgee::utils
• skip_picard_header() : gamgee
• subset_variant_samples() : gamgee

- v -

• variant_deep_copy() : gamgee::utils
• variant_header_deep_copy() : gamgee::utils

- z -

• zip() : gamgee::utils